農委會發聲明表示：商業週刊當時的報導以定性分析乳品中相關代謝物，不但難以確定其前身來源物為何，且單以定性代謝物陽性反應，即直接判定有動物用藥的殘留，亦欠缺嚴謹。該會仍請商業周刊及陳良宇副教授能夠依「食品衛生管理法」第 40 條規定，儘速公布檢驗方法及結果判讀依據，以消弭各界疑慮。

後續農委會就要求被披露的業者主動將產品送檢，而公部門同步也派員到各大廠進行檢驗，並了解廠商自主管理、證驗證及品管記錄等等，並針對其他國內乳製品及生奶進行全面大普查，送至合格實驗室檢查。

後來為確保生乳品質進行檢測，農委會後續公布國內 13 家優良農產品 (CAS) 驗證之乳品工廠收購酪農原料生乳之檢測結果，該原料生乳是由契約酪農繳交給乳品工廠，經乳廠檢驗符合收乳標準後收入生乳貯乳槽，再直接從貯乳槽進行採樣檢測，檢測項目包括塑化劑、止痛劑，以及 6 類 86 項動物用藥品殘留，全部「結果均符合法令規定」。