食藥署表示，這兩種菌並未列為禁用，只是限制使用，在未經確認食用安全性前，不得作為食品原料。

食藥署曾說明，基於腸球菌菌株具有萬古黴素之抗藥性，且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌菌株與醫院院內感染相關，因此聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組不建議將腸球菌作為益生菌供人類使用。
細菌之間基因轉移的情況非常普遍，但腸球菌是否特別容易被「壞菌」影響並轉換成「致病菌」，並沒有充分科學實證支持。

人類食用腸球菌，是否就容易會交換到對人體有害的基因，亦有待更多科學實證來說明釐清。