心肌炎的絕大多數由病毒引起，如腸病毒，其中克沙奇B病毒(coxsackievirus B)和伊科病毒(echovirus)較常見，另外流感病毒、腺病毒(adenovirus)也常見。除了病毒感染外，其他病因如細菌、黴菌或寄生蟲感染、發炎性疾病(風溼熱或川崎病)、自體免疫性疾病或某些毒物、藥物亦有可能造成心肌炎。
進駐武漢金銀潭醫院的上海醫學專家鍾鳴的文章說明，新型冠狀病毒患者早期發病並不凶險，但後期易突發多重器官衰竭，且有損傷心肌跡象。可見心肌炎多為發病後期感染徵狀，並未有明確與武漢肺炎之關聯。