喝包裝水時，若以口就瓶，容易讓口中的細菌殘留在瓶口，或混入包裝水中，在高溫下放置一段時間，包裝水中的細菌易大量繁殖。包裝水開封後應儘快喝完，若長時間擺放，飲用時應避免接觸瓶口或分次倒入杯中，減少孳生細菌。

至於塑膠包裝水放置於高溫車廂內，是否會溶出塑化劑造成健康危害？食藥署進行包裝飲用水高溫儲藏的溶出試驗時，試驗挑選極端的儲藏溫度，取常見PET材質包裝水，在50-60℃的環境下連續儲藏7天。儲藏期間包裝明顯變形，但塑化劑DEHP(di-(2-ethylhexyl)phthalate)溶出結果都是未檢出，由於一般PET製造過程不會添加塑化劑，民眾不用擔憂。但包裝水應儲藏在乾燥陰涼，避免太陽直曬及暴露於高溫的環境。