網路上經常有針對台灣事實查核中心的攻擊，主要是來自於假訊息製造方和不滿查核結果的人。前者是為了打擊查核組織的信譽、讓更多人是非不分相信假訊息陰謀論，後者則是因為對事實查核生態及成立背景不了解而產生的誤解。

正是因為必須根據事實查核，台灣事實查核中心的查核結果也被不同政黨支持者說過是各種顏色，因此，因為單一查核結果不如己意，就把查核中心打為某個政黨顏色，並不公允。由於查核人力量能有限，因此會以民眾查詢的謠言數量及造成較大社會影響來作為闢謠順序，每一則謠言的查核過程、查核工具、判斷準則也都會清楚呈現在查核報告中，民眾也可以自己學習查核。

台灣事實查核中心是由新聞媒體人成立的民間事實查核組織，除了破解假訊息也做媒體識讀教育，獲得 IFCN 國際事實查核聯盟認證，此認證需要每年重新審核，從查核內容到組織要求都必須符合嚴格規範和公正性才能獲得此認證。

世界各國在假訊息肆虐下都有民間發起的事實查核組織，尤其台灣是全世界遭受假訊息攻擊最嚴重的國家，台灣事實查核中心透過平時與各國查核組織合作，每年也參與國際事實查核聯盟大會分享案例和經驗，共同研究提升對假訊息的應變能力，例如在Covid-19期間，台灣事實查核中心就和世界各國的查核組織共同組成「全球新冠病毒事實查核陣線」在平台上分享疫情謠言和破解資訊，以便能更有效率打擊不實訊息。（資料：台灣事實查核中心 2023/12/1、台灣事實查核中心查核準則、 IFCN 國際事實查核聯盟）