Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
Contributed by Colin Renfrew, March 30, 2020 (sent for review March 17, 2020; reviewed by Toomas Kivisild and Carol Stocking) SignificanceTh
近日，據英國劍橋大學的最新研究，新冠病毒在傳播過程中已變異成三種類型，其中原始毒株A型普遍存在於美國和澳洲的患者。據悉，研究人員利用2019年12月24日至2020年3月4日期間從世界各地採集的樣本數據，繪製了新冠病毒最初在人類傳播的地圖，他們發現該病毒有三個完全不同但密切相關的變體，並稱其為A型、B型和C型，而A型是原始的人類新冠病毒基因組，同在蝙蝠身上發現的病毒最接近。
劍橋大學遺傳學家彼得．福斯特（Peter Forster）博士是該研究論文主要作者，他表示，通過分析從患者身上第一批160個完整的病毒基因組序列發現，原始毒株A型更多存於美國和澳洲的受感染者，而並非武漢地區的主要病毒類型。同時，他們不僅在居住於武漢的美國人身上發現了變異的A型病毒，亦在來自美國和澳洲的患者中發現了大量的A型病毒。
通過研究進一步發現，B型病毒才是武漢地區的主要病毒類型，且存在於東亞各地的患者體內，如果無進一步突變，它不會在該地區之外傳播太多。而歐洲的主要類型是C型病毒，在來自法國、意大利、瑞典和英國的早期患者中均有發現；但C型病毒無出現在該研究中的中國內地患者樣本中，卻在新加坡、中國香港和韓國都有發現。
分析還指出，新冠病毒最早傳入意大利的途徑之一，是1月27日通過首例記錄在案的德國患者感染，而另一條意大利早期受感染的途徑與「新加坡聚集性」大爆發有關。
其研究人員發出警告，病毒「正在快速突變，以適應不同人群中的免疫系統抵抗力」。不過，儘管上述研究成果得到了同行評審，但是由於它分析的樣本量較小，是否具有普遍性還待觀察。目前，該研究團隊已更新了數據，納入了截至3月底的1000多例病例繼續進行深入研究。
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Pei-Chi Lo mark this message contains true information
｜originally written by Pei-Chi Lo
■此研究是指Peter Forster等人刊於PNAS期刊的論文，轉傳訊息大抵符合研究內容。
■提醒：解讀應謹慎，雖研究的確認為「最接近蝙蝠冠狀病毒基因序為A型」、「A型與C型多為歐美確診者」、「B型多為武漢、中國與鄰近亞洲國家確診者」，但這【不代表】病毒來源為歐美。
①研究中有提及，A型中，T-allele子群集中亦有4位廣東病患、2位有武漢居住史的美國病患；C-allele子群集有5位武漢病患、8位中國或鄰近國病患。也就是說，A型中仍有武漢與中國患者。
②此研究主要是指出病毒突變改變臨床表現與傳播的可能性，並希望在相關評估派上用場。通篇研究【並未】直接對病毒最初起源地做任何推測。
③最後須留意，此研究會受限於樣本數等限制。
■提醒：解讀應謹慎，雖研究的確認為「最接近蝙蝠冠狀病毒基因序為A型」、「A型與C型多為歐美確診者」、「B型多為武漢、中國與鄰近亞洲國家確診者」，但這【不代表】病毒來源為歐美。
①研究中有提及，A型中，T-allele子群集中亦有4位廣東病患、2位有武漢居住史的美國病患；C-allele子群集有5位武漢病患、8位中國或鄰近國病患。也就是說，A型中仍有武漢與中國患者。
②此研究主要是指出病毒突變改變臨床表現與傳播的可能性，並希望在相關評估派上用場。通篇研究【並未】直接對病毒最初起源地做任何推測。
③最後須留意，此研究會受限於樣本數等限制。
References
2020年4月8日刊於PNAS期刊的研究原文：https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
劍橋大學官網針對此研究的新聞稿介紹：
https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
COVID-19: genetic network analysis provides ‘snapshot’ of pandemic origins
Researchers from Cambridge, UK, and Germany have reconstructed the early “evolutionary paths” of COVID-19 in humans – as infection spread from Wuhan out to Europe and North America – using genetic net
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