當患者受困於睡眠呼吸中止症時，會在睡眠期間發生反覆缺氧、睡眠容易被打擾與片斷化的情形，進而刺激交感神經的過度活化、壓力荷爾蒙（腎上腺皮質醇, Cortisol）分泌異常，容易引發身體的發炎反應。最終導致胰島素阻抗性（Insulin Resistance）的發生、胰腺β細胞功能異常、胰島素敏感度減損等問題，使人體失去代謝葡萄糖與脂肪的功能，造成血糖升高與脂肪代謝異常。