水利署針對抽用地下水造成地層下陷對高鐵之影響，已建議交通部高鐵局評估建立管理規範，交通部除將持續監督台灣高鐵公司對高鐵橋墩沉陷之監控外，當線形變形超出容許規定時，高鐵公司尚可採取諸如調整軌道墊片、支承墊，或暫時限速等必要之應變方案。台灣高鐵公司於2019年3月表示，自2003年起委託工業技術研究院（工研院）定期辦理沿線地層下陷監測作業，同時持續針對軌道平整度進行檢測。2018年監測報告日前完成，數據顯示四處過往有異常沉陷路段的沉陷幅度均趨緩，且橋墩間角變量發展均在容許範圍內，營運安全無虞。將持續監測，並視需要辦理預防性維護工程，以確保安全。